Durante zazen, se debe respirar por la nariz, silenciosamente. Sin tratar de controlar la respiración. Hay que dejar que el aire entre y salga naturalmente, de forma que se pueda olvidar que está respirando. Pero sin forzar, dejando que las respiraciones largas sean largas y que las cortas sean cortas. No hagas respiraciones fuertes y ruidosas.

Al encontrarse el vientre relajado, la columna estirada y la zona lumbar tonificada, la respiración desciende con más facilidad. La  respiración es interdependiente con la postura y con la conciencia. La inspiración se relaciona con el chi de los riñones y la expiración con el chi de los pulmones. Flujo y reflujo. Los riñones contraen, los pulmones expanden. Acerca de la respiración durante zazen, El Maestro Dogen escribió en el Eihei-koroku : “En nuestro zazen, es de suma importancia sentarse en la postura correcta. Después, regular la respiración y calmarse. En el Hinayana, hay dos formas elementales (de práctica para principiantes): una es contar las respiraciones y la otra es contemplar las impurezas (del cuerpo). En otras palabras, un practicante del Hinayana regula su respiración contando las respiraciones. Sin embargo, la practica de los antepasados del Buda, es completamente diferente de la forma del Hinayana. Un antiguo maestro dijo: “Es mejor tener la mente de un zorro astuto que seguir el sistema de autocontrol del Hinayana.” Dos de las escuelas Hinayana (estudiadas) en Japón hoy en día son la Shibunritsu (la escuela basada en los preceptos) y la Kusha (la escuela basada en el Abhidharma-kosa). También existe el sistema Mahayana de regulación de la respiración. Esto es, tomar conciencia de que una respiración larga es prolongada y que una respiración corta es breve. La respiración llega hasta el abdomen y finaliza ahí. Aunque espiración e inspiración son diferentes, ambas pasan por el abdomen. Cuando se respira abdominalmente es fácil ser consciente de la trascendencia (de la vida) y armonizar la mente.